据了解，科学仪器的主要消费市场份额来自国内的科研机构以及高等院校。由于国家相关的政策对科研院校购买进口大型科学仪器有关税和增值税的减免政策，如此一来，一定程度上降低了这些采购单位对进口产品购买的实际价格。
一方面，这样的免税政策表面减轻了国家因为科研经费拨款带来的财政负担。而在实际上，由于这种政策并不给予国产的科学仪器生产商，从而造成了进口仪器与国产仪器在市场上的不公平竞争，大大地损害了国产科学仪器的健康发展。
长期以来，人们观念上总是有个误区：即认为国产仪器制造成本上要比进口仪器来得低。这和实际情况严重不符。
另一方面，进口仪器起步早，经过多年的研制，技术，工艺上比较成熟，许多仪器已经没有前期开发的费用。即便是新款仪器的迭代，也是从已有的仪器的基础上改进，并不需要有许多的研发投入。
相反，国产仪器大多从零起步，一台能满足市场需求的仪器，往往需要有许多前期研发投入。无论是机械、电子，国内供应商的制造能力和先进国家还存在在差距，许多部件的成品率还是比较低，造成了生产成本的上升。
毋庸讳言，目前国产仪器的一些关键部件，如质谱仪中需要的分子泵、检测器等，需从国外采购。而国外的供应商一方面把这些卖给中国客户的部件的价格订得比给本国的客户要高，另一方面获取这些部件还要通过他们在中国代理商的渠道，代理商再从中加价。
这也是国产仪器成本高的另一个重要原因。进口仪器的一些劳动密集型的制造，实际上许多也是在劳动力比较低廉的国家完成的。
所以，相比进口仪器，国产的仪器亦没有劳动成本的优势。综合而言，国内目前科学仪器制造的成本，接近或高于进口仪器。
为了发展我国的科学仪器事业，政府采取的优惠政策本应向国内生产厂商倾斜。但遗憾的是，目前国内进口仪器的这些免税政策只给外国公司带来利益。
考虑到免进口关税，增值税等，进口仪器的优惠达到仪器价格的17%以上。外国公司为了打压国产仪器，通常视情况已对国内买家采取一些价格上的灵活策略。海关的免税政策，等于在这价格上再打上个八折。而国产仪器却要付清全部的税收，国内仪器公司可能的盈利空间大大地被挤压。
以电感耦合等离子质谱(ICP-MS)为例。目前国外三大生产商的的每台价格在12万美元左右，折合人民币80多万元。在免税政策的优惠下，这80多万就是进口仪器供应商的实际收入。
