8.鼓励地方、行业、大型骨干企业与中央财政共同出资，组织实施重点专项，探索由出资各方共同管理、协同推进的组织实施模式，积极支持专项成果在出资的地方和企业推广应用，促进重大成果转化落地。
二、重点专项的项目立项
重点专项下设项目，项目可根据自身特点和需要下设任务(课题)。具体立项流程如下：
1.专业机构按照《关于中央财政科技计划管理改革过渡期资金管理有关问题的通知》(财教[2015]154号)等有关文件要求，依据重点专项实施方案编制概算。财政部会同科技部共同组织重点专项概算评估，并按程序批复概算。
2.科技部会同实施方案编制工作参与部门及专业机构，共同组织专家编制项目年度指南，统一通过国家科技管理信息系统发布。指南应充分体现从基础研究、共性关键技术研发到典型应用示范的全链条部署，并保证基础研究占适当比例;应当依据实施方案进一步提出细化、明确的主要技术指标，但不得限定具体技术路线和研究方案;应当明确项目承担单位遴选方式(公开择优或定向择优)，对于定向择优的项目要明确承担单位资质和能力要求。发布年度指南同时，公布编写专家组名单。保密项目要采取定向择优、非公开方式确定承担单位。
指南按项目征集。发布指南时可公布重点专项年度概算，但不先行设定项目预算控制额度。
3.项目申报单位应为具有较强科研能力和条件、运行管理规范、在中国大陆境内注册的、具有独立法人资格的企业、科研院所、高等院校等。专业机构通过国家科技管理信息系统受理项目申报，并负责申报答疑、项目查重、申报材料形式审查等。自项目指南发布日到项目申报受理截止日，原则上不低于50天，以保证科研人员有充足时间申报项目。项目、任务(课题)负责人实行限项管理。
4.专业机构按照项目评估评审相关要求组织项目评估评审，项目评估评审专家从统一的国家科技管理专家库中选取。推行视频评审，合理安排会议答辩评审。项目申报材料应提前请评审专家审阅，确保评审的效果、质量和效率。从受理项目申请到反馈立项结果原则上不超过120个工作日。
项目评审应当以同行专家为主，吸收海外高水平专家参与，评审专家中一线科研人员的比例应当达到75%左右。市场导向类项目评审注重发挥企业专家作用。采用视频或会议方式评审的，评审前公布专家名单，强化专家自律，接受同行质询和社会监督。项目申请人和申请单位不得通过打招呼、托关系等方式干扰评审专家的评审活动，一经发现将终止其申请资格，并纳入不良信用记录，情节严重的计入“黑名单”。
5.专业机构完成评审工作后，提出项目安排方案、总预算和年度预算安排方案，并按相关要求进行公示。项目安排方案按相关要求报科技部，预算安排方案按照预算申报渠道报送财政部。
6.科技部对重点专项立项程序的规范性、立项情况与任务目标和指南的相符性等提出意见，反馈专业机构并抄送财政部。财政部按照预算审核程序和要求，结合科技部意见，下达重点专项预算，并抄送科技部。
7.专业机构根据通过合规性审核的项目和预算安排发布项目立项通知，并与项目牵头单位签订项目任务书(预算书)。任务书(预算书)中要明确项目的总体目标和年度目标、经费补助方式、预算金额和支出内容，各项考核指标要与经评审确认的指标相一致，必须“落地”、细化、具体、可考核，能够真正检验项目实施效果。
三、重点专项的项目管理
1.专业机构是重点专项管理的主体，对实现任务目标负责。专业机构负责拨付项目年度经费、组织中期检查(评估)等过程管理工作。对重点专项内的不同类型项目(如基础科学、共性技术研发、应用示范等)实施分类精细化管理，加强相关项目实施的协调互动和整体推进。
