追溯历史，流式细胞仪走过了42年的发展历程(1973-2015)，在这四十多年的发展历程中，流式细胞仪器在结构上发生了一系列的演变：由简单到复杂、由单激光到多激光、由单色到多色、由分析到分选、由空气激发到石英杯激发、由标配型到特殊定制型等。总体来说，流式细胞仪的硬件发展远超科研发展需要，但应用技术相对滞后。
在第八届中国生命科学公共平台管理与发展研讨会的流式细胞仪技术论坛上，北京大学医学部分析仪器中心细胞室吴后男主任不仅介绍了流式细胞仪的发展历程，还指出了未来的发展趋势。据其介绍，未来流式细胞仪趋向于多色标记、多参数、更精细、微观指标观察、稀有细胞或多功能特性细胞的研究，向高难度、挑战性技术迈进。
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