报告发现，1995~2016年，中国基础研究经费占全社会研发经费比例基本上维持在5％，应用研究经费从26％下降到了10％，试验发展经费支出从69％增长到了85％。
基础研究加应用研究，合起来可以被称为“科学研究”。报告指出，中国研发经费中科学研究经费比例仅占15％。
报道指出，中国科学研究的主要问题不仅是基础研究投入不足，更重要的是应用研究差距比较大，不到美国和日本的一半，与英国和法国的差距更大。2015年，英国的应用研究经费投入占比已经达到了43％，法国为38％。
从经费的执行部门看，1995~2016年，无论是企业、研发机构还是大学，研发经费中应用研究的投入比例都在下降。企业应用研究投入比例由14.51％下降到3.04％；研发机构从31.08％下降到了28.41％；大学从55.08％下降到 49.28％。与之相对，研发机构和大学的基础研究投入比例都有很大的增长。
报告认为，中国科学研究经费占研发经费比例偏低已经成为一个重要挑战，特别是应用研究比例偏低没有引起应有的关注。
孙玉涛告诉《中国新闻周刊》，应用研究占投入比偏低，和中国整体的创新体系结构有关。在美国，大部分应用研究，由企业和研发机构进行，高等院校主要从事基础研究。而在中国，研发机构也开始从事试验发展，与市场接轨，不再主攻应用。
转变从科研院所的企业化改制开始。1987年，国务院颁布《关于进一步推进科技体制改革的若干规定》和《关于推进科研设计单位进入大中型工业企业的规定》，推动技术开发型科研机构企业化转制。1998年，原隶属于中央政府机构的242个科研院所，以及所有隶属地方政府的科研院所全部转制，直至2001年全面完成。
孙玉涛表示，改制之后，由于面向市场，且无法获得财政拨款，很多科研院所出于自负盈亏的考虑，转做试验发展，应用研究的项目大幅减少。
报告指出，1995年研发经费中应用研究的经费占比还有26％，到了2006年，这个数字迅速下降到17％，2016年降至10％。
他认为，改制以后，虽然科研院所更加市场化，但目前的主要问题是，大学和科研院所的定位存在重叠，二者都既做基础，又做应用。尤其是科研院所，其功能定位需要重新思考。
孙玉涛建议，大学还要回归到基础研究，以中科院为核心的科研院所可以加大对应用研究的投入。未来，可能会有一部分企业尝试进行应用研究。在美国，应用研究经费中的1/3~1/2来自企业的贡献。
如此一来，将来基础研究和应用研究加起来，经费投入占比应该从现在的15％增加到30％。
“这不是一个短期的过程，具体达成的时间很难预测，但从中国目前产业发展的需求来看，应该会在近几年出现转变的苗头。”孙玉涛说。
