仪器仪表种类繁多且更新换代快，导致相关国家专项项目的部署容易碎片化。另一方面，仪器仪表的国民经济价值一般通过主机装备或系统才能体现，相较被服务的主机装备，仪器仪表的显示度较低，导致布局在仪器仪表本身的资助经费普遍偏低，但实际上仪器仪表开发的技术难度不一定比主机装备低，有时候甚至更高。
当前，科技部、工信部、国家自然科学基金委等部门均安排了仪器仪表的专项任务。在“十三五”期间，国家重点研发计划“重大科学仪器设备开发”重点专项接续前期基础，系统安排了高端通用仪器、专业重大仪器和相关核心零部件的研制任务，但是在其他专项中也有仪器仪表的研制任务；此外，仪器仪表相关的传感器等核心部件被分散到多个专项中部署。不同专项中的仪器仪表研发缺乏协同布局与规划，一些重要的仪器项目得不到连续培育而出现中止的现象。
此外，我国仪器仪表国家专项的投资强度偏低。据统计，我国国家级科学仪器项目五年科技经费投入不及国外一个大型仪器公司一年的科技投入，而且国外仪器仪表的政府资助强度也远大于国内，且更加倾向于仪器生产和应用企业。美国国家科学基金会（NSF）在2011年到2018年共资助仪器类基础研究设备与设施建设约55亿美元，专用型仪器的创新则通过相关联邦机构进行分类资助，美国国家卫生研究院（NIH）、能源部（DOE）、国防部（DOD）都有固定的科学仪器与仪器设备支持专项。此外，美国政府对仪器仪表的资助分为创新性方法、系统研发和产业化三个阶段，后两阶段都只资助企业，而且资助强度是创新性方法的10倍以上。
1.2 行业管理
1.2.1 管理不够专一，共性技术弱化
我国供给侧的高质量发展需要仪器仪表行业有相对明晰的行业管理部门和高层的协调机制。不同于飞机、船舶、汽车等装备行业，仪器仪表是大数据、人工智能和物联网等技术的应用基础，是“新基建”七个方向高质量发展的重要支撑，是制造业“牵一发而动全身”的关键技术。在国民经济和国家安全等其他行业的高质量发展中，仪器仪表在提高效率、降低成本等方面起到了四两拨千斤的重要作用。正是认识到仪器仪表行业与其他各行业的广泛关联性，政府相关部门均对仪器仪表行业的发展给予了支持，主要职责包括研究拟定发展政策法规、研发投资、组织制订技术标准和计量认证、行业管理服务等。然而，对于促进仪器仪表行业的创新发展，并未设立比较明确的管理机构，使仪器仪表行业信息、需求等及时准确反映给政府部门的渠道模糊，管理服务体系分散，行业技术发展的系统性和完整性难以保证。
尤其是仪器仪表从样机到产品所需的共性关键技术重视不够，整个行业层面的共性技术服务能力严重弱化。例如，国产仪器仪表的可靠性不足、共性工艺缺失等已成为行业公认的问题，但是这些共性技术涉及产品设计、生产制造和质量管理等多方面，中小企业普遍没有充裕的技术和资金能力解决上述问题；另一方面，专业做可靠性研究的机构难以获得宏量的仪器仪表企业管理和产品全生命周期的数据，相关研究的针对性、可信性和实用性大打折扣。
1.2.2 行业特征明显，中小企业为主
我国仪器仪表行业缺少与赛默飞、岛津、罗氏、福禄克等类似的国际龙头企业，行业的经济运行情况由中小企业主导。近些年，美国《化学与工程新闻》杂志(C&EN)每年都会公布销售排名前20的全球仪器公司榜单，但是中国目前没有一家企业上榜。2019年仪器仪表行业规模以上企业有4451个，总计主营业务收入为7242.64亿元（作为对比，华为2019年的营业收入为8588.33亿元）。其中，年营业收入超过50亿元的企业凤毛麟角。
行业内部存在较严重的结构性矛盾。根据海关统计，2019年我国进口仪器仪表总额为519.93亿美元，出口总额为338.38亿美元，进出口逆差达181.55亿美元。按照行业协会分类依据进行梳理，全行业仅供应用计量仪器仪表、衡器、绘图计算及测量仪器、大地测绘专用仪器四个子行业为顺差，行业存在低端（如电度表、水表、煤气表）产能过剩、高端能力（如大型科学仪器）不足的问题。结合行业营收规模，进一步可粗算出，2019年我国国内市场需求约为8495.06亿元（主营业务收入+进出口逆差），国产自给比例约为57.78%。上述数据也说明，国外企业虽然仅占领国内市场42.22%左右的份额，但是国外企业主要占领了高利润的精密光学仪器、分析仪器、实验室仪器和医疗仪器等中高端市场。
1.2.3 行业热度偏低，企业人才缺乏
