气相色谱技术在食品安全检测方面的应用主要包括：蔬菜、水果及烟草中的农药残留分析；畜禽、水产品中兽药残留及瘦肉精、三甲胺含量分析；饮用水中的农药残留及挥发性有机物污染分析；熏肉中的多环芳烃分析；食品中添加剂种类与含量分析；油炸食品中的丙烯酰胺分析；白酒中的甲醇和杂醇油含量分析；啤酒、葡萄酒和饮料的风味组分及质量控制分析；食品包装袋中有害物质及含量的检测分析；食用植物油中的脂肪酸组成分析等。
(1)多环芳烃、添加剂及丙烯酰胺含量检测分析
多环芳烃(PAHs)是一类重要的环境和食品污染物，目前已知的2～7环PAHs就有数百种，其中很多种具有致突变性和致癌性。加工食品中以烟熏和烧烤食品中的PAHs污染最为严重，而我国烟熏食品风味独特，为广大消费者所青睐，分析检测烟熏类食品中PAHs含量、了解我国烟熏类食品中PAHs的污染程度并制定相应的卫生标准有着重要的食品安全意义。采用GC/MS技术可迅速检测与分析常见的20多种PAHs，其中在熏肉制品中利用GC/MS技术已检出9种PAHs污染。
此外，还可以利用GC/FID气相色谱检测食品中山梨酸、苯甲酸等食品防腐添加剂含量，使用GC/ECD气相色谱检测油炸食品中的丙烯酰胺含量，使用GC/FID气相色谱测定面粉中过氧化苯甲酰的含量。
(2)农药和其他药物残留与污染检测分析
近年来，在蔬菜和水果中有机氯、有机磷农药残留和肉类、鱼类产品中的兽药残留已被社会广泛关注。目前，利用GC/ECD气相色谱检测有机氯农药残留，GC/NPD气相色谱检测有机磷和有机氮农药残留，GC/FPD气相色谱检测有机磷和有机硫农药残留等分析技术已经很成熟，例如，采用GC/MS技术可同时检测出100多种农药残留成分。利用GC/ECD分析技术可对高丽人参中的有机氯农药残留进行准确分析检测。
