当然，UDP协议与IP协议在实现时也有不同的地方，主要体现在校验和的计算方法上。UDP协议的校验和是将首部和数据一起校验，而且这个首部不仅是8 Byte的UDP首部，还包括12Byte的伪首部。在UDP层计算校验和还用到了IP层的地址，但这违背了网络分层模型的理念。IP协议的校验和只计算IP数据包的头部，一般情况下只有固定的20 Byte。
2.3 应用层协议处理
不同通道采集的数据按照规定的数据包长度进行打包，然后再发送到上面的以太网控制模块，需要专门的模块进行组织和调度，并添加对应通道的标签。同时，网络中也不只是设备到上位机方向的采集数据包，也有反方向的用于控制的命令包：首先要考虑的问题是设备从何时开始采集数据，何时停止采集，这都是要上位机发送命令来控制的;其次，对于丢失包的统计与处理，这一部分工作稍微有些困难，但无论是设备和上位机都可以完成，显然交给上位机处理比较适宜，然后上位机向设备发送带丢失包序号的短数据包，设备优先从DDR2缓存中找到该丢失的数据包，发往上位机。
系统中完成这些功能的模块相当于一个位于UDP/IP层之上的应用层协议，而这个协议的内容是由系统设计者所规定的，但必须为FPGA开发人员和上位机软件程序开发人员所共享，这样在不同机器上的对应层就有了一个可以互相通信的对等体(Peer)。这样制定应用层协议，不但增加了系统相关功能的保密性，还可以由开发人员自行裁剪应用层功能，灵活地协调软硬件应该负责的细节，最后敲定最简洁的实现方案。
3 上位机软件的功能
由于本系统的硬件部分实现了UDP/IP协议栈的内容，上位机软件在开发时有了较多可利用的系统调用，主要是Socket(套接字)原语的使用。相对于硬件开发来说，软件开发方便实现一些复杂的功能和计算，所以在系统构想之初就刻意将一些较难实现的部分交由上位机软件来处理，主要是图像帧间隔的识别和重传包的统计。
