认证监管部门对认证机构检查方案、计划有异议的，应至少在现场检查前2天提出。认证机构应当及时与该部门进行沟通，协调一致后方可实施现场检查。
5.3.4.2现场检查时间应当安排在申请认证产品的生产、加工的高风险阶段。因生产季等原因，初次现场检查不能覆盖所有申请认证产品的，应当在认证证书有效期内实施现场补充检查。
5.3.4.3应对生产单元的全部生产活动范围逐一进行现场检查；多个农户负责生产（如农业合作社或公司+农户）的组织应检查全部农户。应对所有加工场所实施检查。需在非生产、加工场所进行二次分装/分割的，也应对二次分装/分割的场所进行现场检查，以保证认证产品的完整性。
现场检查还应考虑以下因素：
——有机与非有机产品间的价格差异；
——组织内农户间生产体系和种植、养殖品种的相似程度；
——往年检查中发现的不符合项；
——组织内部控制体系的有效性；
——再次加工分装分割对认证产品完整性的影响（适用时）。
5.3.5检查实施
根据认证依据的要求对认证委托人的管理体系进行评审，核实生产、加工过程与认证委托人按照5.1.2条款所提交的文件的一致性,确认生产、加工过程与认证依据的符合性。检查过程至少应包括：
（1）对生产、加工过程和场所的检查，如生产单元存在非有机生产或加工时，也应对其非有机部分进行检查；
（2）对生产、加工管理人员、内部检查员、操作者的访谈；
（3）对GB/T 19630.4所规定的管理体系文件与记录进行审核；
（4）对认证产品的产量与销售量的汇总核算；
（5）对产品和认证标志追溯体系、包装标识情况的评价和验证；
（6）对内部检查和持续改进的评估；
（7）对产地和生产加工环境质量状况的确认，并评估对有机生产、加工的潜在污染风险；
（8）样品采集；
（9）对上一年度提出的不符合项采取的纠正和/或纠正措施进行验证(适用时)。
检查组在结束检查前，应对检查情况进行总结，向受检查方及认证委托人明确并确认存在的不符合项，对存在的问题进行说明。
5.3.6样品检测
5.3.6.1应对申请认证的所有产品进行检测，并在风险评估基础上确定检测项目。认证证书发放前无法采集样品的，应在证书有效期内进行检测。
5.3.6.2认证机构应委托具备法定资质的检测机构对样品进行检测。
5.3.6.3有机生产或加工中允许使用物质的残留量应符合相关法规、标准的规定。有机生产和加工中禁止使用的物质不得检出。
